《大悲咒》馬英九版歌詞如下：
南無喝羅怛那哆羅夜耶，ná mó huò luó dá nà duō luó yè yē。
南無阿唎耶，ná mó ā lì yē。
婆盧羯帝爍缽羅耶，pó lú jié dì shuò bō luó yē。
菩提薩埵婆耶，pú tí sà duǒ pó yē。
摩訶薩埵婆耶，mó hē sà duǒ pó yē。
摩訶迦盧尼迦耶，mó hē jiā lú ní jiā yē。
唵，薩皤羅罰曳，ǎn， sà bó luó fá yè。
數怛那怛羅舍涕，shù dá nà dá luó shě yì。
那囉謹墀，nà luó jǐn chí。
醯唎，xī lì。
摩訶罰特羅，mó hē fá tè luó。
地利瑟尼那，dé lì sè ní nà。
婆夜摩那，pó yè mó nà。
娑婆訶，suō pó hē。
附註：馬英九在帶領唱誦時會有“人人誦經那何愁不開悟”的註解，《大悲咒》的某些字眼、經文在國語狀態下發音不完全標準，他還會不定時地用閩南語帶讀，一句閩南語加一句國語輪流教信眾帶誦，最後的結束句“娑婆訶”是標準國語發音。誦完咒語後緊接著帶領信眾向被稱頌的人或佛陀冤親合和、發菩提心、懺悔業障。