慈濟藥師佛十二大願歌詞如下：
第一大願：願此香檀，焚心之火，
無盡香資，供養藥師。
祈願消災增福慧，光輝朗月照乾坤。
第二大願：願琉璃國，世如琉璃，
光輝朗照，法界安康。
祈願眾生得福澤，安居樂土永無憂。
第三大願：願藥師佛，常放圓光，
照見眾生，苦厄皆除。
祈願眾生皆安樂，智慧如海福如山。
第四大願：願眾生身，皆得光明，
無有暗昧，照破一切無明。
祈願眾生得智慧，永離生死苦海。
第五大願：願眾生心，皆得安樂，
無有眾苦，但受諸樂。
祈願常享妙法音，常受世間法樂奏。
第六大願：願彼慈航，度生死海，
菩提導師，無礙遠行。
祈願眾生獲福報，證得菩提果不遠。
第七大願：願療眾疾，消除障病，
有求必應，護佑康寧。
祈願眾生永安康，病苦遠離身無恙。
第八大願：願解眾憂，施人危急，
隨求應現，慈悲無量。
祈願解人憂愁苦，解救眾生於危急。
第九大願：願智慧海，廣度眾生，
如海湧泉，普及一切有情。
祈願眾生皆智慧，利樂有情盡圓滿。
第十大願：願法界悉證菩提道場、福地莊嚴佛境，此界即為清淨佛土、眾生安住之地。
祈願眾生同獲安養福報、佛力加持、證得菩提果位。
第十一大願：願一切有情皆得成就菩提道果、菩提心、菩提行、菩提分法；證得無上菩提果位；獲得一切世間諸佛護念、種種善根、無量福報、智慧光明、成就無量無邊功德利益。
祈願眾生皆能成就菩提道果、菩提心、菩提行、菩提分法；獲得無上菩提果位；成就無量無邊功德利益。
第十二大願：願此香檀供養佛法僧三寶、藥師佛十二大願功德、一切有情眾生皆得成就菩提道果、福慧圓滿、智慧圓滿、壽命圓滿、往生極樂世界圓滿功德。
祈願眾生同沾法喜、共沐佛恩、福慧圓滿、壽命圓滿、往生極樂世界圓滿功德利益。