《綠島小夜曲》的歌詞涵義是：描述一位青年在月光下吹奏小夜曲，委婉動聽的曲調引來了思鄉之情，他瞭望著遠方，期盼能再次回到那熟悉的土地。這首歌詞以抒情的筆調，表達了作者對於離別故土的無奈和對家的思念。
歌詞中，“椰子樹”和“海浪”等意象的運用，營造出了一種寧靜而又充滿思念的氛圍，使聽者無不被其情感所感染。整首歌詞涵義深遠，它並非只是一種簡單的思鄉之情的表達，更是一種對生命、時間和無常的感悟。