《綠島小夜曲》的MV拍攝於台灣的綠島，並且主要是在一個小海灘上進行。MV的男主角在MV中扮演一名在綠島工作的青年，他面對著大海唱著《綠島小夜曲》，他的思念之情溢於言表，並隨著他的歌曲飄向遠方。
在MV中，還有這樣的一幕：男主角和女主角一起坐在海灘上，兩人深情對望，但當女主角將手伸向男主角時，卻被突然來到的眾人嚇了一跳。這樣的一幕與歌曲中描繪的愛情情境形成了對比，使得MV更加具有情感張力。
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