《God Knows》的歌詞含義如下：
* 表達了作者對於暗戀同學的表白，表明了同學是唯一一個能夠了解自己的人，也是唯一一個能走進自己內心的人，表達了同學在自己心目中獨一無二的位置。
* 歌頌了無論何時都不會忘記的初戀之情，但歌詞中表達的感情是純潔的，沒有任何越軌的行為，表達了同學是自己初戀和歸宿的意思。
此外，《God Knows》還表達了日本在泡沫經濟時期，人為了滿足物質享受而迷失的本性，以及世界不會因為困難而毀滅，人們會繼續生活下去的意思。