距離上一季結尾(Tom登上外星入侵者的飛船)已經過去三個月時間。Weaver仍然是第二獨立團的指揮官，Anne繼續擔當隨團醫生的重任。他們經歷了更多的戰鬥，也了解到更多與外星人有關的信息。Pope成了「狂暴戰士」(Berserkers)的指揮官--他們由Weaver不信任的一群人組成，但他們仍然隸屬於第二獨立團。Tom突然回到第二獨立團，所有人都對他「忠誠」感到懷疑。與此同時，Ben不斷挑戰Hal的權威，導致這兩兄弟的矛盾進一步加深。