莫採石不同意警察署長 霍然的提議， 嚴達慶也跟著隨聲附和，莫採石命令嚴達慶全權負責此案。原來，警察署長霍然和警察廳長莫採石一直暗中較力，他們都在盡最大力量保護自己的力量，只有一心想出風頭的嚴達慶不明就裡。

關天平懷疑昨天抓住的人可能是 程慈航， 歐陽倩準備試探此人一番。果然，程慈航看到車夫殺人案件卷宗之後，對劉阿長蒐集的證物很是不屑，他要求到案發現場仔細勘察。歐陽倩看程慈航沒有藉機溜走的意圖，就帶領程慈航到了案發現常正在勘察，死者的哥哥匆匆跑了進來，程慈航根據這個人的外貌、衣著和神態，立即判斷此人就是兇手，並還原案發現常確鑿而充分的證物、嚴謹而精彩的推理讓大家心悅誠服。一樁冤案徹底偵破，歐陽倩再次詢問程慈航和莫採石之間的關係，程慈航用箱子裡的證件澄清自己的身份。然後，徑直向莫採石家走去，在等待門衛通報的時間，程慈航從鏡子裡的倒影發現一直跟蹤自己的歐陽倩，同時，發現還有人一直跟著歐陽倩。歐陽倩沒想到，這位聰明睿智、武功高強的程慈航竟然真是莫採石的親戚。

五九檔案被盜，各方勢力對此都虎視眈眈，中田代表的日軍和歐陽倩代表的神秘組織僅僅是其中的兩方而已。程慈航在博物館附近仔細勘察，希望能夠有所發現，一些證物闖進了程慈航的眼帘。這時，小野派出的手下突然手持匕首向程慈航猛刺過來。程慈航抓住一人交給趕來支援的歐陽倩，自己則追趕趁機逃跑的那個人，無路可逃的日本特務吞毒自荊程慈航匆匆回到原地，看到另一個也被刺死，歐陽倩謊稱此人拒捕被殺，程慈航發現一個匆匆離開的身影。還沒有來得及多問，就有警察循聲而至，歐陽倩趕緊讓程慈航離開。

一切安排停當，歐陽倩追上程慈航詢問他到底發現了什麼。程慈航告訴她，證據顯示，作案的應該是一胖一瘦兩個人，他們可能在鐵礦上工作。二人準備到北礦區調查一下。

先入為主的嚴達慶認為是內鬼作案，他把博物院所有員工集中起來進行調查，卻勞而無功。同時，不太自信的他還讓劉阿長排查南京所有飛賊的情況。案情通報會上，劉阿長宣布調查的結果，此案為綽號“夜蝙蝠”的天下第一飛賊許老二所為，此人一直隱姓埋名住在北礦區。嚴達慶立即集合警察直奔北礦區而來。

看到蜂擁而至的警察，許老二師徒意識到大事不妙，倉皇逃竄。途中，許老二徒弟腳下一個趔趄，倒在地上。嚴達慶領著警察迅速趕到，層層包圍住此人，此人困獸猶鬥，一把拉過一位站在路邊的小姐當做人質。被劫持的竟然是霍然的女兒、嚴達慶的未婚妻 霍蜜兒，看到心上人在歹徒手中，又氣又怒的嚴達慶束手無策，在他猶豫不決之際，正巧趕到的程慈航以迅雷不及掩耳之勢衝到歹徒身旁，三下五除二制服歹徒，成功救出霍蜜兒。英雄救美，霍蜜兒對著程慈航花痴般地問東問西。看到霍蜜兒如此表現，嚴達慶醋意大發。

美國政府對五九檔案覬覦已久，派顧問團特別助理哈金斯上校到莫採石處拜訪。莫採石得知哈金斯的真實目的，準備閉門不見，暫避其鋒芒。

程慈航返回自己逃跑的地方，找到小玉用生命換來的部分五九檔案。他想到了小玉對自己的囑託：把五九檔案公之於眾，讓全世界懲罰那些用中國人做實驗品的日本人。